Nach Ende des Zweiten Weltkriegs, als in Ostdeutschland alle früheren Sportvereine verboten und zunächst durch lockere Sportgemeinschaften ersetzt wurden, spielte von Anfang an die von den Zeiss-Werken unterstützte Fußballmannschaft die dominierende Rolle. Als ab 1948 in Ostdeutschland das System der BetriebssportgemeinschaftenTrägerbetrieb mit finanzieller und struktureller Unterstützung auf. Neben einer starken Hockey-Sektion (1953 Vizemeister) wurde auch eine Fußballsektion aufgebaut. aufgebaut wurde, wurde 1950 durch den VEB Jenapharm die BSG Chemie Jena gegründet. Das Pharmawerk trat künftig auch als

Die Fußballmannschaft nahm bereits im Sommer 1950 an den Spielen um den DDR-Fußballpokal teil und unterlag erst in der 2. Runde dem Oberligisten ZSG Industrie Leipzig. In der Saison 1951/52 belegten die Chemiker in der Landesliga Thüringen Rang 7 und qualifizierten sich damit für die ab 1952 neu eingerichtete damals drittklassige Bezirksliga Gera. Dort wurde die Mannschaft auf Anhieb Bezirksmeister und stieg in die DDR-Liga auf. Am Ende der Spielzeit 1953/54 reichte jedoch nur zum vorletzten Platz, sodass der Gang zurück in die Bezirksliga angetreten werden musste. Dort wurde man zum zweiten Mal Bezirksmeister, scheiterte anschließend jedoch in der Aufstiegsrunde zur neuen II. DDR-Liga. Anschließend folgten drei Jahre in der nun viertklassigen Bezirksliga, abgeschlossen 1958 mit dem erneuten Abstieg in die Bezirksklasse. Es folgten die sofortige Rückkehr und 1963 der dritte Bezirksmeistertitel. In zwei Ausscheidungsspielen um den Aufstieg in die DDR-Liga (die II. Liga war eingestellt worden) zog die BSG Chemie jedoch mit 0:5 und 1:0 gegen Motor Eisenach den Kürzeren. In der Saison 1963/64 wiederholte sich das Vorjahresergebnis - Bezirksmeister, in der Aufstiegsrunde gescheitert.

Nach dem Gewinn der fünften Bezirksmeisterschaft wurde endlich das Ziel Rückkehr in die Zweitklassigkeit erreicht. Hinter Motor Nordhausen erreichte Chemie Jena Platz 2 in der Aufstiegsrunde. Mit einem zunächst 19-köpfigen Aufgebot mit einem Durchschnittsalter von 26 Jahren nahm der 40-jährige Trainer Rolf Hüfner die DDR-Liga-Saison 1966/67 in Angriff. Er baute insbesondere auf den ehemaligen Nationalspieler Günther Imhof und den oberligaerfahrenen Walter Larisch (43 Oberligaspiele für Chemie Halle). Nach nur drei Siegen in den 15 Spielen der Hinrunde zeichnete sich jedoch bereits ab, dass es schwer werden würde, wenigstens den Klassenerhalt zu schaffen. Nachdem in der Rückrunde die ersten sieben Spiele sämtlich verlorengegangen waren, wurde Trainer Hüfner durch den inzwischen als Spieler zurückgetretenen Imhof ersetzt. Obwohl dieser noch sechs neue Spieler aufbot und sich damit der Kader auf 29 eingesetzte Aktive dramatisch erhöhte, konnte auch der Ex-Internationale den Abstieg nicht verhindern. Mit drei Siegen, 3 Unentschieden und 24 Niederlagen sowie einen Torkonto von -57 wurde die BSG Chemie weit abgeschlagen Tabellenletzter. Nachdem zum Eröffnungsspiel gegen die FSV Lokomotive Dresden noch 2000 Zuschauer gekommen waren, kamen über die gesamte Saison im Durchschnitt nur 900 Besucher.

Von 1967 bis 1975 war Chemie Jena durchgehend in der Bezirksliga vertreten. Am Ende der Saison 1974/75 musste die Mannschaft erneut den Gang in die Bezirksklasse antreten, stieg aber sofort mit dem Rekordergebnis von 63:1 Punkten und 131:22 Toren wieder auf. Danach blieb die BSG Chemie, 1982 in BSG Jenapharm umbenannt, bis 1989 in der Bezirksliga, anschließen noch ein Saison in der viertklassigen Bezirksklasse, die nach Einstellung des DDR-Fußballspielbetriebes aufgelöst wurde.

Als SV Jenapharm nahm die 1. Fußballmannschaft 1990 den Fußballbetrieb in der neuen Landesklasse Thüringen auf. Nach Abstiegen in die Bezirks- und Kreisliga spielt der SV Jenapharm derzeit in der 9. Liga.

• Teilnahme DDR-Liga: 1953/54, 1966/67
• Ewige Tabelle DDR-Liga: Rang 157
• 2 Nationalspieler*: - Robert Enke († 11.11.2009) (Stammtorhüter Nationalelf seit August 2008)
                                 - Günter Imhof (DDR)
  

Bis heute zählt man 5 Mannschaften im Männer, Junioren und Altherrenbeich.

SV Jenapharm 2008/2009

• 1. Mannschaft:
  
  Wieder "nur" Platz 4. Nach erneutem Trainerkarussel innerhalb der Saison, pendelte man sich nach einem eher holprichen Start auf Platz 4 der Kreisliga ein.
  
  Randnotiz:Bereits nach dem 4. Spieltag wurde Sven Färber von seinen Aufgaben als Übungsleiter freigestellt. Bis zum 15. Spieltag blieb die Mannschaft trainerlos. Es übernahm Steffen Riebel.
  
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• 2. Mannschaft:
  
  Lange sah es nach einem - diesmal sportlichen - Abstieg aus. Doch die 2. Mannschaft des SVJ  holte am Ende aus 8 Spielen 16 Punkte (siehe Statistik) und rettete sich damit souverän auf Rang 10.
  
  >> Statistik 2008/2009
  

• A-Junioren:
  
  Die A-Junioren beeindruckten als Neuling in der Landesklasse alle und stellte einige Marken auf: 114 geschossene Tore (Ligaspitze), Fastaufstieg in die Landesliga, 16 geschossene Tore in einem Spiel (16:0 gegen den 1. FC Gera II). Am Ende fehlten 5 Punkte zum Meistertitel.
  
  Randnotiz: Die A-Junioren, Jahrgang 1990/91, stellten die letzte Jugendmannschaft des SV Jenapharm und übergeben folgende Spieler in den Männderbereich: Marcel Witzenhausen, Robert Damisch, Philipp Gärtner, Stefan Hebestreit, Daniel Wansner.
  
  >> Statistik 2008/2009
  

SV Jenapharm 2007/2008

• 1. Mannschaft:
  
  Platz 4 der Kreisoberliga nach einer starken Rückrunde. Jedoch gab es in der 1. Halbzeit der Saison zu viele leichtfertige Punktverluste gegen "relativ einfache" Gegner (siehe SV Hermsdorf II 0:1)
  
  Randnotiz: Martin Kraft wurde am 11. Spieltag von Interimscoach Steffen Riebel. Sven Färber wurde zum 17. Spieltag als neuer Trainer des SV Jenapharm vorgestellt.
  
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• 2. Mannschaft:
  
  Platz 12 der Kreisliga nach einer eher durchwachsenen Saison.
  
  Randnotiz: 7 Spieler wurden im Laufe der Saison in der 1. Mannschaft eingesetzt [Endler, Brendel, Döpel, Krause (alle im Laufe der Saison zum festen Kader der 1. Mannschaft aufgenommen), Böhme, Overbeck, Lisker]

• A-Junioren:
  
  Platz 1 der Junioren-Kreisliga und somit Meister + Aufsteiger in die Landesklasse. Zudem gewann die Mannschaft um Trainer Peter Kunz den Kreispokal der Junioren.
  
  Randnotiz: Mit Torwart Marcel Witzenhausen, Daniel Wansner und Robert Damisch landen 3 Spieler im Kader der 1. Mannschaft für die Saison 2008/2009.

• B-Junioren:
  
  Mit Platz 4 und lediglich einem Sieg in der Junioren-Kreisliga war es eine eher magere Ausbeute der B-Junioren des SV Jenapharm im Spieljahr 2007/2008.
  
  Randnotiz: Die Kreisliga der B-Junioren startete in diesem Jahr nur mit 5 Mannschaften, wobei Dornburg außer der Wertung spielte, da sie mit den A-Junioren antraten

• E-Junioren:
  
  Die E-Junioren des SV Jenapharm nahmen im Spieljahr 2007/2008 nicht am aktiven Spielbetrieb teil.

SV Jenapharm 2006/2007

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SV Jenapharm 2003

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SV Jenapharm 2001

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• Robert Enke (* 24. August 1977 in Jena; † 11. November 2009 in Neustadt am Rübenberge) war deutscher Fußballspieler. Er spielte auf der Position des Torwarts bei Hannover 96 und stand im Aufgebot der deutschen Fußballnationalmannschaft.
  
  Enkes Karriere begann beim SV Jenapharm Jena, bevor er 1985 zum FC Carl Zeiss Jena ging. 1995 schaffte er den Sprung in den Profikader der 2. Bundesliga, wo er jedoch nur drei Spiele unter Trainer Eberhard Vogel absolvierte. Sein Debut als Profi hatte er November 1995 gegen seinen späteren Klub Hannover 96. 1996 wechselte Enke in die 1. Bundesliga zu Borussia Mönchengladbach. Am 11. November entschied sich Robert Enke für den Freitod und verstarb in Neustadt am Rüberberge. Der SV Jenapharm wird Robert für immer in guter Erinnerung behalten und bekundet seiner Frau Teresa, seiner Familie und seinen Freunde sein Beleid.
  
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